Na coluna esquerda do painel de controle de seu e-commerce você deve ir até WooCommerce e clicar em Pedidos.
Depois disto, você deve selecionar o Pedido do Cliente. Ir na aba Correios no lado superior direito, adicionar o código e clicar no botão +. Veja:
Feito! O seu cliente irá receber automaticamente um email com o código de rastreio.